Objectifs

Ce diplôme universitaire offre la possibilité d’acquérir le savoir faire nécessaire à l’analyse des données haut débit depuis le plan d’expérience jusqu’à la publication des résultats. Très opérationnelle, cette formation permet aux stagiaires de travailler avec leurs propres données pour développer et renforcer des compétences en création, analyse et valorisation de données omiques (génomique, transcriptomique, protéomique).

Public concerné

Cette formation est destinée aux ingénieurs, post-doctorants, chercheurs et enseignants-chercheurs, du secteur public comme du secteur privé. Ce diplôme universitaire s’adresse à des personnes en situation professionnelle avec une première expérience d’approche haut débit et titulaire au minimum d’une licence en biologie.

Méthode pédagogique

La formation s’articule autour de 10 sessions de 2 jours réparties sur
une année civile organisée comme suit :

  • Jour 1 : 6 h de cours et de travaux pratiques + 1 h de travail
    en autonomie à l’université
  • Jour 2 : 3 h de cours et de travaux pratiques + 4 h de travail
    en autonomie à l’université
  • Entre les sessions : 4 h de travail distanciel.

Au total, cela représente 90 h de cours/TP et 90 h de mise en situation avec suivi pédagogique. Les cours/TP bénéficieront d’un triple encadrement et seront organisés autour de séquences de cours théoriques relativement courtes, pour laisser une large place à la réalisation pratique. L’enseignement est organisé en 6 modules fonctionnant de manière transverse et continue, de façon à reproduire la démarche d’un laboratoire de recherche.

Modules de formation

  1. Définir un plan d’expérience et choisir les méthodes de génération de données -omiques adéquates (18 heures)
  2. Gérer des données pertinentes et garantir la reproductibilité des analyses (18 heures)
  3. Appliquer les outils statistiques adaptés à l’analyse des données expérimentales (18 heures)
  4. Automatiser le processus d’analyse des données (Workflows d’analyses) (18 heures)
  5. Mise en situation et projet (90 heures)

Afin de favoriser une démarche interactive et collaborative, différents outils informatiques seront proposés pour permettre :

  • d’échanger des fichiers, des données ;
  • de partager des ressources, des informations ;
  • de communiquer simplement en dehors de la salle de cours et des temps dédiés à la formation.

L’enseignement est en français, avec de nombreux supports de cours en anglais.

Compétences visées

À l’issue de la formation, notre souhait est que le stagiaire puisse être capable :

  • d’organiser, analyser et valoriser un projet scientifique reposant sur des approches expérimentales haut débit ;
  • d’interagir efficacement avec des informaticiens et des statisticiens.